- Kính nên để ở một vị trí cố định và hạn chế di chuyển:
Kính hiển vi có rất nhiều bộ phận quang học bằng thủy tinh, vì vậy bạn nên để kính ở một vị trí cố định, không nên di chuyển nhiều vì có thể sẽ làm rơi vỡ. Khi phải di chuyển bạn nên để trong hộp kín và luôn bê ở tư thế thẳng đứng bằng cả 2 tay. 

- Chỉ bật đèn sử dụng khi cần thiết.
Ngày nay các kính hiển vi quang học hầu hết sử dụng bóng đèn để tạo ánh sáng thay cho gương. Các bóng đèn này có tuổi thọ nhất định, vì vậy chỉ bật đèn khi bạn soi kính, khi không soi bạn phải tắt đèn để giữ tuổi thọ cho bóng đèn.

- Rửa sạch và lau khô tay trước khi sử dụng, tránh mang bụi bẩn lên kính hiển vi của bạn.

- Không để dung dịch trên tiêu bản bám vào đầu vật kính.
Khi soi tươi bằng vật kính 40 có thể trên lam kính có dung dịch. Khoảng cách từ đầu vật kính đến tiêu bản là rất gần. Do vậy rất dễ dính dung dịch lên trên đầu vật kính. Vì vậy hãy nhớ luôn luôn phải đậy lam men khi soi tươi với dung dịch để tránh làm hỏng đầu vật kính.

- Sử dụng dầu soi đạt chất lượng. Khi soi kính ở vật kính 100 bạn phải sử dụng dầu soi. Dầu soi giúp tăng độ chiết quang giúp việc tập trung ánh sáng tốt hơn. Tuy nhiên chất lượng dầu soi ảnh hưởng trực tiếp đến độ bền của vật kính. Vì vậy hãy sử dụng loại dầu soi có chất lượng tốt để soi kính vừa giúp soi tốt hơn vừa bảo quản vật kính tốt hơn.

- Hàng ngày sau khi sử dụng phải lau sạch dầu soi ở vật kính dầu bằng một mảnh vải mềm tẩm xylen hoặc cồn và lau sạch lại bằng một mảnh vải sạch không có xơ. Cũng cần lau sạch các vật kính khác và thị kính bằng một mảnh vải mỏng. 

- Tuyệt đối không dùng mảnh vải đã lau vật kính dầu để lau thị kính. Không được dùng cồn để lau các mặt sơn của kính hiển vi. Chú ý không được để lỗ trống thấu kính mà nên dùng một nắp đậy thích hợp hoặc một miếng băng keo dán kín trên lỗ trống

- Trước khi cất kính hiển vi, để vật kính nhỏ ở vị trí quan sát. Nếu cẩn thận hơn, hạ tụ quang kính xuống. Nếu tụ quang kính bẩn, lau bằng giấy lau kính khô.

- Bụi bẩn ở môi trường là nguyên nhân hàng đầu dẫn đến hỏng các đầu vật kính, thị kính hoặc các thấu kính. Vì vậy khi sử dụng xong, phải phủ kính bằng một mảnh vải hoặc mảnh ni long để tránh bụi. 

- Đặt kính hiển vi trong phòng có máy điều hoà nhiệt độ hoặc trong phòng có máy hút ẩm để bảo vệ hệ thống thấu kính và lăng kính khỏi bị nấm mốc trong mùa nóng ấm như để. Ở nơi không có điện, có thể đặt một giá đỡ hộp kính hiển vi cách lò sưởi cuả tủ lạnh hoặc máy lạnh chaỵ bằng ga hay dầu khoảng 30cm để giúp hộp đựng kính hiển vi đủ khô, bảo vệ thấu kính khỏi bị nấm mốc.

- Cần bảo dưỡng kính hiển vi định kỳ để kip thời phát hiện ra lỗi và nhanh chóng sửa lỗi ấy, đem lại hiệu quả sử dụng và độ bền máy cao nhất.